チェックメイト（アラサー編）

2012年11月5日月曜日

ポストゲノム

ポストゲノム時代の遺伝統計学を購入していただいた。
読んだ方がいて、おすすめのようだ。
とりあえず統計の部分をさらさらと見てみたが、ソフトがしらないもの過ぎて対応できない・・・。
とりあえず少しずつ読み進めていく。

今週後半から出張もあり、いろいろ目白押しである。

2012年11月1日木曜日

職場でRコマンダーでの解析の講座のサポートをした。

そこで出てきたよくわからないエラー。昨日１日調べたが、原因不明だった。

・エクセルがそもそも読み込めない。
→エクセルを読みに行くためのパッケージがない？そのパッケージ名がわからず。

・エクセルでカテゴリカル・データを読み込んだが、層別因子として認識されない。
→エクセルの情報をクリップボードに貼り付けてやれば可能であった。そのため、エクセルの読み込み方の問題？
・ｒJavaというパッケージが入っていない。
→インストールで解決

・Macの場合Rcmdrがインストール出来無い？
→Macもってないのでわかんない。使いふるしでいいから余ってないかな。ただ、できてた人もいた模様。

また実習があるようなので、それまでに解決したい。やっぱ英語で使うべきか－？

追記１２・１１・０１
X11をダウンロードして
ttp://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/
から
ttp://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/tcltk-8.5.5-x11.dmg
をダウンロード→
Rを起動→上のイラストからX11を起動→
library(Rcmdr)
で行けるみたい。

X11とか学部の時の授業で出てきたなーと思ったくらいだった気がする。

とりあえずこれで一件落着かな？

追記12/11/02
Mountain Lionだとうまくいかないとの報告有り。
MacOSが近くにないので、確認できないが・・・。

かうか？そこまでする必要はないと思うけど、Mac使いの先生多いんですよね・・・。

2012年10月31日水曜日

無再発をエンドポイントにするとき。

例えば３年無再発を見たいがフォローしている期間がそれにみたっていないとき。

または、３年フォローできているものもあるが、できていないものもあるとき。

その場合はカプランマイヤーと一緒にだし、ひげがどのあたりに立つかを確認できる形で示すほうが良い。

あとで追記します。

2012年10月29日月曜日

相関係数は比べてもいいのか。

相関係数の比較の話。

相関係数について、今まで、比べてはならないものだと思い込んでいた。

たぶん学部の時にそう習ったのか、テスト前にネットサーフィンしているのか忘れたけど。

たしか、文系科目として英語と国語、理系科目として物理と化学。その２つの相関係数を比べても意味ない。的な話で妙に納得していたのを覚えている。

ただ、今回医師の先生から質問されて、相関係数は比べてはならない。って即答してしまったけど、なぜか違和感があった。

そこでいろいろ調べてみた。

結論から書くと、比べてもいい時もある。

例えば同じような指標を作ろうとしている時。

上の例で言うと英語と国語を比べている時と英語と古典を比べている時、文系科目としての相関が高いのはどっちかってのは比べる意味がある。

医学でいうと、OSとその他のサロゲートとの比較は意味があると思う。

ただ、相関係数にも弱点があって、それぞれの変数が正規分布してないと、例えば二峰性であったりすると、おかしな結果を出してしまうということ。

つまり、個人的には相関係数を比較するときはそれぞれの変数のヒストグラム、代表値を確認して正規分布だとわかってから使うべき。との解釈。

つまり予備検定としてはKruskalWallisして確認した後、相関の差の検定をするべきか。

医学の分野だと正の値しか取らないから基本歪んでるよね。

つまり、統計を正しく使える環境にない人はあまり相関係数の差に対しての言及はやめたほうがいいってことになるかな。

難しいところだけども。

追記

実際の検定はこちらから。毎度のことA先生のページ。

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/diff_r.html

2012年10月18日木曜日

強制投入した場合の推定値の信頼区間

強制投入で解析したら推定値の信頼区間でないじゃないかという要望から。

confint（モデル式）

で出てきます。

2012年10月17日水曜日

青木先生の関数fisher exact testを使う時の注意点

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/fisher.html
このページから。

source("http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/src/fisher.R", encoding="euc-jp")

をコピペしたらfisher exact testが出来る。

ｘに適当なデータを入れてやってみると

> fisher(x)

以下にエラー asymptotic() : 関数 "printf" を見つけることができませんでした

と出てくる事がある。

この場合はこのページ

http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/taygeta/statistics.cgi?mode=res&no=15678

の真ん中あたりで回答があり、

printf <- function(fmt, ...)
{
cat(sprintf(fmt, ...))
}

と打ち込めば使えるようになります。

何度か間違ってしまったのでまとめ。

all.R入れろって話ですかね。うーん。

あと、レトロな解析な場合は基本ｔ検定とカイ自乗検定は使わずにマンホイットニー（ウィルコクソン）とフィッシャーでいったほうがいいと思います。

2012年10月14日日曜日

英語

英語に対しての能力が伸び悩んでいる。

多分言葉にすると「スライドを使いながら話しているプレゼンテーションならいけるけど、ただ話しているだけの授業は内容を理解できない」レベル。

サブスクリプトを見たら内容は大体わかるけど、スクリプトなしでは聞き取れないレベルって感じか。

どうしたらええんやろなー。

もう一回基礎に戻って単語とかやり直すか・・・？

いい案ある人は教えていただければ幸いです。