2012年10月5日金曜日

強制投入法以外で変数候補を探索する。Rで。


まずRの画面で

library(MASS)

と入力し実行。(ダウンロードは必要ないと思います。)

この宣言でステップワイズ法が使えるようになります。

デフォルトでstepという関数があるけど個人的にちょっと結果がみにくいと思っている。

計算自体は

stepAIC(coxph(Surv(time,outcome)~factor1+factor2+...,data=解析したいデータセットの名前),direction="backward")

で行えます。(環境によっては改行が入るかもしれませんが1行です)


coxph()の部分は考えるモデルで強制投入の時に作ったものと同じ。もちろんコックスハザード以外も使えますが、医学論文のための手法としてはこれかロジスティックでしょう。

あと

cox.analysis<-coxph(Surv(time,outcome)~factor1+factor2+...,data=data)


などとしていただいて、


stepAIC(cox.analysis,direction="backward")


としていただいても構いません。

後ろのdirectionの部分はbackward,forward,bothの3種類を指定できます。

減らしていく方法、増やしていく方法、どちらもやっていく方法です。


医学論文では基本的にいわゆるp値でしかみないけど、AICって指標を用いることでどの要因が効いているのかを評価できる方法もあります。

AICってのは日本人の赤池先生が作って世界中で使われている指標です。


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