file.choose()

file.choose()

と打てば、Office系の開くと同じように対話的にファイルを選ぶことが出来るようになる。

ただ、このコマンドのみでファイルを選んでもそのファイルの絶対パスを読みこんでくれるだけなので、本来は、

read.table(file.choose(),header=T)

などとして使うことが多い。もちろんread.csvでも可能。

dat1<-read.table(file.choose(),header=T)

などとして

head(dat1)

summary(dat1)

などを確認していくのがよい。

ちゃんとかこう。

昨日書いてる記事でもなにかいてるかわけわかんないところがあるので、人に読んでもらうことを意識することにする。

自分だけわかればいいならオフラインの日記でもいいはず。

カプランマイヤー

データは何が起こるかわからないので、エクセルで作った場合でも最終的に値で貼り付け。

そして、日本語は取り除く方がよい。

変数に名前をつける癖は作ってるほうが良い。

膨大であればあるほど。

また出来ればいつも同じディレクトリでやるようにした方がいいが、それを意識するのが煩わしいと感じる人もいる。（そもそも自分がどこのディレクトリで作業するかはwindowsでは気にしないことが多い）

そのため、クリップボードからコピーするとき以外は、

read.csv(file.choose(),header=T)

を使うべきである。

そのままカプランマイヤーを書く場合は

library(survival)

で関数を呼び出し、（ないと言われればネットにつなげた状態でinstall.packages(survival)をやる。）

plot(survfit(Surv(time,event)~group,data=data),main=c(""),xlab=...)

という感じで。（Survの引数この順番だったかな・・・）

カプランマイヤーの拡張はまた質問された時にでもまとめます。

Bayesian continuous reassessment method (CRM) designs for Phase I dose escalation trials.

Rに既に実装済み。

bcrmという関数なので。

教科書通り、ネットにつながっている状態で

install.packages("bcrm")

library(bcrm)

で完了。

色々オプションがあるが、わからない人は使わないほうがいいので、これ以上はまとめない。

どうしても使いたければ統計家に。

ポストゲノム

ポストゲノム時代の遺伝統計学を購入していただいた。
読んだ方がいて、おすすめのようだ。
とりあえず統計の部分をさらさらと見てみたが、ソフトがしらないもの過ぎて対応できない・・・。
とりあえず少しずつ読み進めていく。

今週後半から出張もあり、いろいろ目白押しである。

Rコマンダーについて 追記有り さらに追記あり

職場でRコマンダーでの解析の講座のサポートをした。

そこで出てきたよくわからないエラー。昨日１日調べたが、原因不明だった。

・エクセルがそもそも読み込めない。
→エクセルを読みに行くためのパッケージがない？そのパッケージ名がわからず。

・エクセルでカテゴリカル・データを読み込んだが、層別因子として認識されない。
→エクセルの情報をクリップボードに貼り付けてやれば可能であった。そのため、エクセルの読み込み方の問題？
・ｒJavaというパッケージが入っていない。
→インストールで解決

・Macの場合Rcmdrがインストール出来無い？
→Macもってないのでわかんない。使いふるしでいいから余ってないかな。ただ、できてた人もいた模様。


また実習があるようなので、それまでに解決したい。やっぱ英語で使うべきか－？


追記１２・１１・０１
X11をダウンロードして
ttp://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/
から
ttp://cran.r-project.org/bin/macosx/tools/tcltk-8.5.5-x11.dmg
をダウンロード→
Rを起動→上のイラストからX11を起動→
library(Rcmdr)
で行けるみたい。


X11とか学部の時の授業で出てきたなーと思ったくらいだった気がする。

とりあえずこれで一件落着かな？


追記12/11/02
Mountain Lionだとうまくいかないとの報告有り。
MacOSが近くにないので、確認できないが・・・。

かうか？そこまでする必要はないと思うけど、Mac使いの先生多いんですよね・・・。

無再発をエンドポイントにするとき。

例えば３年無再発を見たいがフォローしている期間がそれにみたっていないとき。

または、３年フォローできているものもあるが、できていないものもあるとき。

その場合はカプランマイヤーと一緒にだし、ひげがどのあたりに立つかを確認できる形で示すほうが良い。

あとで追記します。