ラベル 統計 の投稿を表示しています。 すべての投稿を表示
ラベル 統計 の投稿を表示しています。 すべての投稿を表示

2014年1月9日木曜日

フィッシャーイグザクトメソッド

fisher exact method(fisher検定)はノンパラメトリック検定の1つであり、少数例の時でも背景因子の偏りを確かめることが出来る。

正規性を仮定できる時のみに用いることが出来る上位互換としてカイ二乗検定がある。

研究に使う場合はp値に関しては保守的に考えるべきであると考えているし、ミススペシファイしてしまうリスクを負う必要はないと思っており、正直カイ二乗検定は捨ててしまってもいいと考えている。

さて、fisher検定をRで用いるときはbaseの中にfisher.testという関数がある。

行列等を指定し、大きな行列となる時は作業につかう領域をworkspaceで指定する。

例えば

fisher.test(matrix(2:5,2,2),workspace=100000)

という具合である。多くの場合はp値が欲しいことが多いので

fisher.test(matrix(2:5,2,2),workspace=100000)$p.value

とすれば得ることが出来る。

たまにオッズが欲しくなるが、その場合は

fisher.test(matrix(2:5,2,2),workspace=100000)$estimate

オッズの信頼区間が欲しい場合は(2かける2の時)

fisher.test(matrix(2:5,2,2),workspace=100000)$conf.int


tableのそれぞれのセルの数が知りたければfisher.testをtableに変更すればよい。

もちろんfor文でも使えるので、幾つもの検定を一気に行うことも可能。

しかし、p値が小さすぎるときはデータに戻ることが大切。

そもそもマーカー陰性がいなかったり罹患した人がいなかったりするとオッズが変な値になる(計算出来ない)

計算結果はすぐに出てくるが、解釈をちゃんと行うこと。

それが一番大事。



多分いちばん多い質問。FFFFFAQに認定。



2013年12月24日火曜日

Rでのデータの読み込み

Rでデータを読み込む方法はいろいろあるが個人的には2つしか使わない。

read.table("clipboard",header=T)
か
read.csv(file.choose(),header=T)


上はExcelとかからコピーしてそれをそのまま乗っけたい場合
下はcsvファイルを読み込みたいとき。

区切りの認識はオプションで

sep="\t"   ","  " "

等でつけることができる。もっとあるけど実務上はこのくらいで十分。

前向き試験ののデータでは比較的欠損等のデータを扱うことが多いが後ろ向きの場合はかなり乱暴なデータベースで有ることも覚悟の上。

まあそもそも前向き試験の解析をRで行うこと自体があまりないのだけれども。

だから欠損とかをどう扱うかの方がレクチャーの満足度をあげるかもしれないな。

多くの教科書にはその辺りのことは書いていない、書いているけど、その時はよく検討して欲しい。というような内容。そもそもいろんな場合が考えられすぎて一般化しにくいんだと思うけど。

SPSS、JMPともにこの辺りはかなりうまくやってくれる(丸文字等もきっちりよんでくれる)のであまり重要な話ではないけれど。

Rを使っている先生からは必ずと言っていいほど読み込めません。相談は一度はあるので。

QAに認定。ッて感じで。

エクセルでデータベースを作るときのプルダウン

データベースを作るときにセルに入力できる内容を予め指定しておくことはデータベースの質を担保していくために重要である。

データベースソフトにはaccessやFileMaker、さらにはawkを使っているという人もいると思うが、大多数の人はExcelだろう。

個人的にはエクセルでのデータベースの入力はあまり良くないと思っているが、ここまで浸透しているといろいろと反発するのが難しい。

そのため最近はエクセルでも間違わない方法をよく考えている。

さて標題pulldownだがそんなに難しくない。

2003以降の前提としているが上のリボンのところで

データ
入力規則
設定→条件の設定→入力値の種類→リスト→元の値に入力、

値は「,」(半角コンマ)で区切る。

この手間は相当なものになるが、それだけで相当質はあがるはずである。

ちなみにその後Rでの解析を考えているのであれば、空白やコンマを不用意にデータベースに入れ込むべきではない。大きなものになればなるほど確認しづらくなる。


2013年12月23日月曜日

信頼区間の切り捨て切り上げ

結果をまとめるときに信頼区間を考えることがあるけど、この信頼区間は狭ければ狭いほど点推定値の信頼性が増すことになる。

四捨五入などをすると過大評価してしまう可能性がある。もちろん過小評価してしまうことがある。

研究を行う上では、四捨五入をするならする。しないならどのような方法にするかを予め決めておくべきである。

さらに言えば、研究者として出来るだけ広くなるような方法で評価するのがよい。

つまり下側は切り捨て、上側は切り上げるのがよい。

研究者として都合の良いようにとらないこと。

いつも保守的に受け取ること。

そうすることが査読に耐えうる結果提示の一番の近道。

多くある質問ではないが定期的にある質問。

QAとしてあげることにする。




2013年11月23日土曜日

There is always light behind the clouds.

全然ブログかけてなかった。明日は久しぶりに何もない休み。めざましかけずにとりあえず寝る。


11日 
統計ソフトの検討を行い情報収集。主にJMPとSPSSについて。夜はよく相談を受ける診療科の予演会。2週間後本番ということで、診療科としても一気に発表ムード?いえ、私のほうがそういう質問が増えるので、時間を管理して、すべての質問に応えることが出来るように。

12日
私自身上で述べた学会で研究グループの統計解析を担当することになっていたので、それ関連について調べる。アポイントありの統計相談が2件、突発的相談が4件ほど。

13日
N大の講義。本日はP2関連。かなり内容が盛りだくさんで面白かった。理論の整理をする時間が欲しい。合間を見つけて行おう。

14日
某協会の方が来院されるということで、準備等。建設的な議論となったと思います。(自分が総評価するのもおこがましいですが・・・)
また新たな前向き試験の話が1件。なかなか興味深く歯ごたえのある相談。エンドポイントの設定が肝。
あと治験のキックオフが1件。ヒアリングで質問した内容がいろいろと検討されていた。自分の臨床の勉強だけでなく、少しだけ貢献できているかなとか思って嬉しくなる。いや、油断は禁物。油断?
アポあり相談2件。あまり研究をしたことがない診療科の先生からの相談。(人数の関係でバイアスあり。)興味深い。また勉強することが増えた。今日の診療とかup to dateとか読み漁る。

15日
アポあり相談3件。1件は少し前にいなくなった先生から。非常勤で週1で来られているらしい。今日の相談の先生は3人が3人共熱意がすごくある。比較するものでもないかもしれないけど、すごいパッションを感じる。いや、みな有るのだと思うけど、私には特にそう感じる。
ヒアリングが1件。内容は言えない。
博士論文の発表を人に聞いてもらう。もうスグだ。

16日17日
博士論文の発表の準備。胃が痛い。

18日
今週と迫った学会の予演会。統計の部分、体裁等を少しコメントさせていただく。多分指摘はされないんだろうけど、でも、やっぱりああ統計的な曖昧さがないなあといろんな人に思って欲しい。
自分の発表の方もデータ解析前大詰め。しかし明日は博士論文の審査。終わったらやろう。

19日
審査当日。準備はしたつもりだったが、あまり良くなかった。半期伸ばすことにする。申し訳ない。悔しい。ただ現実を受け止め前に進む。正直まだあまりうまく整理できていないため、多くをかけない。
帰宅後データの解析のソースづくり。寝たのは・・・。

20日
気持ちの整理がつかなくても、次の発表は来る。データ解析の一日。ちょこちょこ突発的な相談や雑務に追われながらも、行う。解析は私一人のため何度かおこないたいと考えていたため、夕方までに一度完成させ、夜にもう一度。予防接種も行った。心はあまりでも体はそこまで悪い状態ではないようだ(あまり寝る時間がないけど)

21日
朝4時に起きて最終確認。5時に研究者の皆さんに送付。
その後少し統計相談を受けてから、夕方前に学会会場へ。
会場に向かう間にメールを頂き、追加解析。
なんとかコアメンバーの先生に助けていただきながら発表スライドを完成。
発表も私の担当の部分は無難に終わった。その後臨床医の先生のスライドの解釈を聞いてもっと勉強しないとダメだと思った。
その後、ご飯をご一緒させていただき、その後別グループに合流させて頂く。
明日は学会を楽しもう。

22日
解析から開放されしばし学術的のみをもって学会を堪能。
途中院内からの連絡に対応しながらも、ほぼ予定通り聞くことが出来た。
院外で研究をご一緒させて頂いている先生とも多く対面でお話させていただいたし、新しいネタがあるからという話も聞くことが出来た。数いる統計家の中から私に声をかけてくださるのは嬉しい限りだ。
実は明日も東京なのだが、さすがにいろんな疲れがドバドバ出てきているので、一度帰宅することにする。

23日
築地でセミナー。久しぶりに座学だったのとこの2週間の怒涛の様なあれでちょっと・・・・。でも、新たな知識も入ってきたし、明日の業務に活かしていこうと思います。というより少し知らない言葉とかフォロー出来てない通知とかがあったので、確認かな。うん。まだまだすべてをフォロー出来てない。勉強。で、夜は後輩と飯食って今これを書いている。

ということでお休み。いい夢は見たくない。私は安眠を望む。






2013年11月20日水曜日

JMP上にデータを入れてでサブセットを作る

JMPを初めて自分で使う。  

サブセットを作るときは
行→行の選択→where条件で選択→設定→OK 
その後 テーブル→抽出(サブセット)




http://www.jmp.com/japan/support/faq/data_02.shtml